1986年4月15日 ，经国务院批准，成立直属中央爱国卫生运动委员会的中国健康教育研究所。1986年6月10日，中国健康教育研究所成立大会在北京举行。

     中国健康教育研究所是全国健康教育科学研究与业务指导中心，其主要职能是：①对全国公共卫生问题进行调研，草拟国际健康教育规划，为领导部门决策提供建议和咨询；②根据全国主要公共卫生问题开展健康传播和行为干预研究，组织、设计、实施和评价健康教育课题、项目与活动；③为全国各级健康教育机构提供科研与业务指导；④培训全国各类健康教育专业人员；⑤开展健康传播材料的设计、制作与传播研究；⑥开展国际合作与交流，承担国家合作项目。

    所内曾设置社会健康教育研究室、学校与心理健康教育研究室、性病及艾滋病健康教育研究室、控烟与慢性病预防健康教育研究室、传播研究室、情报资料研究室、国际合作项目办公室、美术摄影创编研究室暨《中国卫生画报》社、音像室暨中国卫生科教音像出版社、《中国健康教育》杂志社等职能处室，还设置了办公室、科教处、人事处、财务处、行政处、监察处等行政处室。 2001 年底，中国健康教育研究所进行了机构调整和人事制度改革，各处室设置进行了较大调整，设立了健康教育传播与材料制作中心、健康教育信息服务中心、健康教育培训与评价中心、社区健康教育与促进中心、项目及全国九亿农民健康教育行动办公室、中国卫生音像出版社、《中国健康教育》杂志社、《中国卫生画报》社等 8 个业务部门及办公室、人事处、财务处、后勤服务中心等4个行政部门。

    中国健康教育研究所于1993年与世界卫生组织合作建立了中国/世界卫生组织健康教育和健康促进合作中心，合作开展中国和世界卫生组织西太区的健康教育与健康促进活动，设计和实施与世界卫生组织的合作项目，以及设计和组织健康教育与健康促进培训活动。

    中国健康教育研究所汇集了包括健康教育学、公共卫生学、医学、心理学、社会学、行为学、传播学、管理学以及新闻、美术、摄影、音像、计算机等专业人才70余人，其中具有高级专业职称的占20％；中级专业职称的占48.6％；有2位专家享受国务院颁发的政府特殊津贴。

    中国健康教育研究所建所以来，围绕全国卫生工作中心任务开展科学研究和业务工作，发挥全国健康教育业务指导功能，取得可喜成果。近15年来，该所共开展和完成了50多个科研课题和项目，其中世界卫生组织项目4个、世界银行贷款项目2个、联合国儿童基金会项目2个、部(委)级课题6个；获得“世界卫生组织控烟与健康奖”、卫生部科技成果一等奖、二等奖、三等奖、各一项，获得中国环球性病、艾滋病基金奖各一项。该所专业人员在国家级学术刊物发表论文100多篇，传播科技著作 24部，发表科普文章700多篇。

    10多年来，中国健康教育研究所共举办全国性健康教育专业培训班、进修班100多期，组织有的专家、教授成立健康教育讲师团，为各地健康教育培训工作提供师资。承担全国九亿农民健康教育行动的业务工作，制作“行动”录像带26部共140个节目和录音带6盒30个节目，向全国发放录像、录音带8.2万盒(盘)并开展效果评价。正在卫生科普专题片盒传播健康教育音像制品30多部，发行录像录音带7.1万盒(盘)，印发《九亿农民健康教育读本》7.5万套。组织承办三届“白鹤杯”全国优秀卫生科技电影电视片评奖活动。正在印发各类卫生宣传品150多万件(份）。成功承办了“跨世纪全国卫生美术书法摄影精品展”、“全国首届优生优育优教科技成果展览”、“全国打击制售伪劣药展览”和“建国45周年社会发展成就展览(卫生事业部分)”等大型展览，受到各方面好评，并荣获“组织奖”、“设计奖”。策划组织《飘动的红丝带》(预防艾滋病)大型公益文艺晚会，取得显著的社会效益和经济效益，受到国务院领导的表扬。举办《 21 世纪健康生活方式》展览，在北京及10多个省展出。

    该所的对外学术交流与国际合作活动十分活跃，除了与世界卫生组织建立合作中心以外，还承担联合国儿童基金会健康教育合作项目，开展“生命知识传播”活动及其评价方法的研究，并对18个项目省进行业务指导和人才培训；参与世界银行贷款卫Ⅶ项目的行为干预工作；与世界卫生组织开展创建健康促进学校和百所无吸烟学校项目；与美国罗马林达大学联合举办高级健康教育培训班；派员参加在美国、芬兰、日本、波多黎各召开的第13、14、15、16届世界健康教育大会及其他国际会议，出国访问考察与交流活动30多次；先后接待来自美国、加拿大、澳大利亚、俄罗斯、泰国、日本、印度尼西亚、新加坡、英国等国的专家、学者300多人次，接待台湾、香港地区的专家30多人次。